Mục tiêu hình thành mạng lưới các viện, trung tâm nghiên cứu và phòng thí nghiệm về công nghệ sinh học để tạo sự liên kết hỗ trợ lẫn nhau, nâng cao hiệu quả trong nghiên cứu, ứng dụng và phát triển công nghệ sinh học phục vụ phát triển kinh tế – xã hội.
Định hướng phát triển cấp quốc gia là xây dựng và phát triển 3 trung tâm Công nghệ sinh học cấp quốc gia tại miền Bắc, miền Trung và miền Nam. Đến năm 2025, phát triển 3 trung tâm Công nghệ sinh học này đạt trình độ tương đương khu vực ASEAN, trong đó có ít nhất 1 trung tâm đạt trình độ Thế giới.
Đây là một thách thức lớn đồng thời cũng là cơ hội phát triển năng lực nghiên cứu cho đội ngũ làm công tác nghiên cứu Công nghệ sinh học của Viện Công nghệ sinh học nói chung và của Đại học Huế nói riêng. Được sự quan tâm, tạo điều kiện đầu tư của Nhà nước, lãnh đạo Tỉnh Thừa Thiên Huế và Đại học Huế, Viện Công nghệ sinh học sẽ nhanh chóng phát triển nguồn nhân lực, cơ sở vật chất và mở rộng các lĩnh vực nghiên cứu để phát triển thành Trung tâm Công nghệ sinh học cấp quốc gia, đáp ứng mục tiêu phát triển công nghệ sinh học phục vụ phát triển kinh tế xã hội của đất nước.