Ngày 15 tháng 10 năm 2018, Giám đốc Đại học Huế ban hành Quyết định số 1341/QĐ-ĐHH về việc cho phép Viện Công nghệ sinh học, Đại học Huế đào tạo trình độ tiến sĩ ngành Sinh học, mã số: 9420101. Năm 2020, Viện tiếp tục được phép đào tạo thí điểm trình độ tiến sĩ ngành Nông nghiệp hữu cơ, mã số: 9620125 theo Quyết định số 173/QĐ-ĐHH ngày 11 tháng 02 năm 2020 của Giám đốc Đại học Huế.
Đến nay, Viện đã và đang đào tạo 12 nghiên cứu sinh ngành Sinh học với 02 nghiên cứu sinh đến từ Cộng hòa Dân chủ Nhân dân Lào. Năm 2023 và năm 2024, 04 nghiên cứu sinh hoàn thành chương trình đào tạo và được công nhận học vị tiến sĩ theo Quyết định của Giám đốc Đại học Huế; trong đó, có 02 tân tiến sĩ hiện đang công tác tại các trường đại học, cao đẳng trong nước và 02 tân tiến sĩ quốc tịch Lào đang công tác tại cơ sở giáo dục của nước bạn. Các nghiên cứu sinh còn lại hiện vẫn đang tiếp tục hoàn thành chương trình đào tạo và tiến đến bảo vệ luận án cấp cơ sở vào thời gian tới.
Với mục tiêu đào tạo ra các nhà nghiên cứu, nhà đổi mới, giảng viên và chuyên gia tư vấn trong lĩnh vực liên quan theo định hướng ứng dụng; Viện không ngừng nâng cao chất lượng giảng viên, cơ sở vật chất cũng như quan tâm, tạo điều kiện học tập, nghiên cứu thuận lợi nhất có thể đến các nghiên cứu sinh; đồng thời, Viện tiếp tục phối hợp với quý thầy cô giáo, các cơ sở giáo dục trong và ngoài Đại học Huế để nâng cao chất lượng đào tạo.
PGS.TS. Trương Thị Hồng Hải, Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học, Đại học Huế, trao bằng tiến sĩ cho tân tiến sĩ Ngô Thị Diễm My, được công nhận học vị tiến sĩ năm 2023
Cán bộ Viện, giảng viên từ trường Đại học Sư phạm, Đại học Huế chụp ảnh lưu niệm cùng các tân tiến sĩ Nguyễn Trần Trung, Sonexay Rasphone và Hatsadong Chanthanousone, được công nhận học vị tiến sĩ năm 2024